WESUS bruker en Windows Internal Database (WYukon) databasemotor. Dette er en embedded versjon av SQL server som gjerne ikke har management verktøy tilgjengelig. Dette er en smule upraktisk når man feks vil begrense minnebruk eller sjekke databaseintegritet. Som standard er den ikke aktivert for hverken remote eller lokal tilgang heller, så man må installere en versjon av SQL server management studio lokalt på WSUS-serveren og bruke et spesielt instansnavn:
\\.\pipe\mssql$microsoft##ssee\sql\query
